پس از حوادث فصل قبل، سازمان Rhodes Island هنوز با تهدید گروه شورشی «Reunion» روبهرو است. بیماری مرموزی به نام «اوریپاتی» مردم را آلوده میکند و منبع قدرتی به نام «اوریجینیوم» در عین سود، نابودی به همراه دارد. در این فصل، رهبران گروهها برای کنترل اوضاع وارد نبردی سیاسی و نظامی میشوند. «آمیا»، رهبر جوان Rhodes Island، درگیر تصمیمهایی سخت و سرنوشتساز میشود و رازهای تلخی از گذشته برملا میگردد.